Kegagalan calon-calon BN daripada PDS dalam pilihanraya DUN pada bulan Mac 1999 menunjukkan bahawa parti tersebut masih gagal menyatupadukan seluruh masyarakat Kadazandusun dan rumpun Pasokmomogun dalam satu gagasan pertubuhan politik. Ini terbukti apabila para pengundi daripada N16 Moyog tidak menyokong dan tidak mengundi Tan Sri Bernad Dompok, Presiden PDS. Akibatnya, perkhidmatan beliau sebagai Ketua Menteri Sabah dalam sistem penggiliran yang diperkenalkan sejak tahun 1994 juga terhenti begitu juga.Majoriti ahli masyarakat Kadazandusun juga turut hampa kerana kegagalan Huguan Siou Datuk Seri Panglima Joseph Pairin Kitingan untuk kembali menubuhkan kerajaan Sabah meskipun tema perjuangan “Koguli Tokou Wagu” (kita akan kembali berkuasa) begitu lantang kedengaran terutama semasa kempen. Slogan ini merupakan satu faktor utama pengalihan undi kaum Kadazandusun yang tidak mempercayai bahawa PBS tidak mungking akan berkuasa kembali berdasarkan kepada perubahan sempadan pilihanraya yang baru.Dalam kehibaan, satu suasana hening dan periksa diri telah berlaku dikalangan rakyat KDM. “Kenapakah orang kita tidak boleh bersatu kembali?” “Kenapakah kita tidak dapat menentukan hala tuju perjuangan kita yang sebenarnya?” “Kenapakah kita tidak dapat menentukan di mana asas dan tempat kita yang sebenar untuk membela hak-hak bangsa kita?” dan banyak lagi persoalan terus kedengaran di merata tempat. Pada masa yang sama, segolongan rakyat termasuklah para pemimpin PDS telah mulai sedar bahawa sesungguhnya, orang-orang Kadazandusun sudah jauh terpesong kerana berpecah-belah dalam perjuangan mereka. Orang Kadazandusun menjadi ahli kepada semua parti-parti politik yang berdaftar di Sabah kecuali dalam parti Malaysian Chinese Association (MCA) dan Malaysian Indian Congress (MIC).Kesedaran baru timbul dan tercetuslah seruan bangsa Kadazandusun yang menjadi tema perjuangan PDS iaitu 'Misompuru Tokou Wagu' atau 'Mari Kita Bersatu Kembali'. Tetapi PDS yang dilahirkan kerana kejatuhan Kerajaan PBS tidak mampu mengangkat seruan tersebut. Justeru itu, para pemimpin PDS membuat keputusan untuk mengorbankan parti tersebut untuk membolehkan pertubuhan politik yang telah diasaskan untuk menyatupadukan bangsa Kadazandusun di awal kesedaran politik bangsa mereka iaitu UPKO dihidupkan kembali. Langkah ini ibarat kata pepatah, “Kalau sesat di hujung jalan, balik ke pangkal jalan”. Asal mula perjalanan bagi Kadazandusun ialah UPKO kerana inilah pertubuhan politik yang telah diasaskan oleh barisan pemimpin orang-orang Kadazandusun yang memulakan kebangkitan dan kesedaran politik bangsa iaitu Dato Donald Stephens, G.S. Sundang, Datuk Peter Mojuntin dan ramai lagi yang lain.Mesyuarat Majlis Tertinggi PDS pada 28 Julai 1999 telah sebulat suara bersetuju untuk mengorbankan PDS. Dalam persidangan tahunan PDS yang kelima pada tahun 1999 di Shangri-La’s Tanjung Aru Resort, usul untuk meminda nama parti kapada UPKO menjadi salah satu topik perbahasan yang utama. Para perwakilan telah sebulat suara bersetuju untuk mengorbankan PDS demi UPKO. Bendera PDS telah diturunkan dan pada masa yang sama bendera UPKO dinaikkan. UPKO kemudiannya dilancarkan semula di Dewan Masyarakat Ranau pada 30 Oktober 1999.Kewujudan UPKO sekali lagi telah memberi nafas baru kepada usaha perpaduan yang sekian lama terabai kerana kehadiran pelbagai parti yang dikatakan mewakili bangsa Kadazandusun. UPKO yang dilihat pada hari ini akan mewakili semua suku kaum Anak Negeri yang ada di Sabah. Ia akan dilihat seperti satu gagasan di mana perjuangan setiap suku kaum Anak Negeri akan didengari. Pada ketika ini, tidak lagi wujud kumpulan-kumpulan yang dikatakan sebagai pembela kaum anak negeri tetapi kesemua kaum Anak Negeri seperti Rungus, Murut, Liwan, Tagaas, Lotud, Bakud, Bundu, Kwijau dan Tangara akan bernaung di bawah UPKO.Keindahan yang dapat dilihat hasil daripada kewujudan Parti UPKO adalah sebenarnya sedang berada di dalam arus pembangunan yang sebenar kerana parti ini sekarang merupakan komponen Barisan Nasional (BN) yang memperjuangkan hak-hak masyarakat Kadazandusun Murut. UPKO akan menjadi perantaraan di antara Kerajaan Negeri dan Kerajaan Pusat untuk membawa kesejahteraan yang diharapkan oleh semua suku kaum Kadazandusun selama ini.Dalam era ini juga, setiap anggota masyarakat Kadazandusun Murut mempunyai tanggungjawab yang besar dalam membantu merealisasikan matlamat pembangunan masyarakat ini. Untuk tujuan ini, parti akan berusaha meningkatkan taraf pendidikan, mengubah paradigma pemikiran, membentuk nilai-nilai kepimpinan berwawasan, mempertingkatkan kebijaksanaan dan keupayaaan pengurusan termasuk pengurusan masa, mempertingkatkan keyakinan diri, menanamkan sikap peneroka dan budaya korporat, memperteguhkan institusi keluarga, mengembleng sumber manusia terutama sekali wanita dan belia, mempertingkatkan kesedaran kesan globalisasi ekonomi, menanamkan sikap, disiplin, berertika, bermoral tinggi dan beramanah, mempertingkatkan kegiatan penyelidikan, memperhebatkan komunikasi pembangunan dan pengukuhan institusi-institusi sosial di akar umbi.